الدكتور مرتضى خضر حاصل على دكتوراه في إدارة الأعمال من جامعة الخرطوم، وماجستير في إدارة الأعمال (تمويل) من جامعة العلوم والتكنولوجيا، وبكالوريوس علوم (مرتبة شرف) من جامعة الخرطوم، وهو محاسب قانوني معتمد (CPA) من ولاية جورجيا بالولايات المتحدة الأمريكية، ومرخص من قبل مجلس المراجعين والمحاسبين السودانيين (SCCA).

وهو أستاذ ومحاضر في عدة جامعات سودانية. شغل سابقًا مناصب مختلفة في بنوك خليجية وعمل مستشارًا لعدة بنوك سودانية. كما شغل عضوية مجلس إدارة بنك السودان المركزي. ويمتلك خبرة مالية ومصرفية واسعة، مع أكثر من 20 عامًا من الخبرة في القطاع المصرفي.

يشغل حالياً عضوية مجلس إدارة بنك البركة السودان كخبير مصرفي، وهو عضو في اللجان التنفيذية ولجان السياسات والحوكمة والرقابة.